Administrar el sistema aduanero de la República de conformidad con la ley, los convenios y tratados internacionales ratificados por Guatemala, y ejercer las funciones de control de naturaleza paratributaria o no arancelaria, vinculadas con el régimen aduanero.
La Intendencia de Aduanas establece procedimientos de operación en aduanas y recintos fiscales para el fiel cumplimiento de los tratados y convenios internacionales adquiridos y crea los mecanismos de verificación de valor, origen de mercancías y denominación arancelaria, a efecto de evitar la sobrefacturación o la subfacturación y lograr la correcta y oportuna tributación.

