Su objetivo es establecer los lineamientos generales para desarrollar una cultura de trabajo transversal, que permita actuar de forma coordinada entre los distintos órganos y dependencias para el mejoramiento continuo de la gestión institucional, mediante la identificación, selección, descripción, documentación y mejora continua de los procesos, que apoyen el cumplimiento de los Objetivos Estratégicos Institucionales y que orienten el mantenimiento y/o ampliación del Sistema de Gestión de la SAT.
Conforme las necesidades y planteamientos de la modernización y con el apoyo del Fondo Monetario Internacional el Directorio de la SAT y el Superintendente aprobaron la adopción de la Política Institucional de Gestión por Procesos, lo que ahora permite que toda la modernización integral aduanera sea en forma coordinada con las otras Intendencias y Dependencias de la Institución. Actualmente se formulan, desarrollan e implementan los proyectos bajo esta política articulados con los componentes de la modernización aduanera