El Directorio, es el órgano colegiado que en calidad de autoridad superior de la SAT le compete la responsabilidad de tomar decisiones estratégicas para dirigir la política de administración tributaria y aduanera, así como velar por el buen funcionamiento y la gestión institucional de la SAT. (Art.14)
El Tribunal Administrativo Tributario y Aduanero, es el órgano colegiado que en calidad de autoridad superior, le corresponde con exclusividad conocer y resolver todos los recursos en materia tributaria y aduanera, previo a las instancias judiciales y que por disposición del Código Tributario, la Ley Nacional de Aduanas, el Código Aduanero Uniforme Centroamericano y su reglamento, sean de su competencia y de las demás leyes y reglamentos aplicables. (Art. 28 bis)
El Despacho del Superintendente, órgano superior responsable de definir, desarrollar y dirigir la política y directrices de la Superintendencia de Administración Tributaria. Para el cumplimiento de las funciones de la SAT, el Superintendente de Administración Tributaria tiene a su cargo la administración y representación general de la SAT, así como la representación legal de la Institución, la cual podrá delegar en los funcionarios que designe para el efecto. (Art. 8, 24, 26)
La Auditoría Interna, es la dependencia encargada de ejercer el control y fiscalización de todos los órganos y dependencias de la SAT, verificando que la gestión administrativa y operativa se ejecute de acuerdo con lo establecido en la Ley Orgánica de la SAT, las normas de control interno y de auditoría para el sector gubernamental, reglamentos internos y manuales técnicos y administrativos aplicables. (Art. 30)
La Gerencia de Asuntos Internos, es la dependencia encargada de realizar investigaciones administrativas y denunciar cuando corresponda, las actuaciones de los funcionarios y empleados de la SAT que sean contrarias a la ley, con la finalidad de prevenir y combatir actos de corrupción, faltas e infracciones administrativas y cualquier otro acto que contravenga los intereses institucionales. Reportará por sus actuaciones directamente al Directorio. (Art. 30 Bis)
La Intendencia de Atención al Contribuyente, es la dependencia encargada de velar porque en la atención a los contribuyentes y público en general, se preste un servicio eficaz y eficiente, proporcionándoles formación, capacitación e información oportuna y fidedigna, conforme a sus requerimientos y necesidades, en procura de una cultura organizacional de servicio al contribuyente; y, planificar, desarrollar e impulsar programas y proyectos de divulgación, educación y concienciación dirigidos a fomentar el cumplimiento voluntario de las obligaciones tributarias, así como la administración del Registro Fiscal de Vehículos. (Art. 30 Quáter)
La Intendencia de Aduanas, es la dependencia encargada de desarrollar y aplicar las competencias que la SAT tiene en materia aduanera, por lo que, conforme a la ley, será responsable de administrar el Sistema Aduanero de la República y facilitar el comercio exterior de conformidad con la Ley y con Convenios y Tratados internacionales vigentes para Guatemala. Modernizando las operaciones de comercio exterior en forma constante para ser más competitivos en el ámbito aduanero. (Art. 31)
La Intendencia de Recaudación, es la dependencia encargada de desarrollar las estrategias y aplicar las competencias que la SAT tiene en materia de planificación, organización, evaluación y ejecución de las actuaciones que, faciliten, controlen y promuevan el cumplimiento voluntario de las obligaciones tributarias, la ampliación de la base tributaria y la cobranza administrativa previo a su traslado a otras instancias; la generación, y desarrollo de la política de control y administración de la información que esté disponible en los registros que por ley le corresponde llevar a la SAT; así como, la política y administración de la Gobernanza de Datos de la SAT. (Art. 32)
La Intendencia de Fiscalización, es la dependencia encargada de desarrollar y aplicar las competencias que la SAT tiene en materia de Fiscalización, así como la supervisión, inspección, investigación, verificación y determinación del cumplimiento de las obligaciones tributarias y aduaneras sustantivas y formales. (Art. 33)
La Intendencia de Asuntos Jurídicos, es la dependencia encargada de representar y defender los derechos, intereses y patrimonio de la SAT ante cualquier entidad, dependencia, órgano, autoridad y tribunales de justicia, tanto a nivel nacional como en el extranjero, como parte actora, demandada, tercera interesada, querellante adhesivo o actor civil. Además, proporciona asesoría y consultoría legal y administrativa a las dependencias de la SAT. (Art. 34)
La Secretaría General, es la dependencia encargada de proponer la normativa para la emisión y registro de actos administrativos, así como del control, gestión, clasificación, archivo, catalogación, certificación, notificación, resguardo de expedientes y demás documentos oficiales que se encuentran en los distintos órganos y dependencias de la SAT. (Art. 36)
La Gerencia de Planificación y Cooperación, es la dependencia encargada de formular y coordinar la aplicación de herramientas y mecanismos de planificación, programación, evaluación y control de la gestión institucional, proveyendo información confiable y oportuna para la toma de decisiones y el desarrollo Institucional; así como coordinar la mejora continua de los procesos institucionales; y las relaciones y proyectos de cooperación institucional. (Art. 37)
La Gerencia de Informática, es la dependencia encargada de brindar asesoría, desarrollo y soporte en tecnología de información a los diferentes órganos y dependencias de SAT. (Art. 38)
Comunicación Social Externa, es la dependencia encargada de coordinar con las dependencias que corresponda, las acciones de información y divulgación de normas, requisitos y procedimientos a la población, a través de los medios de comunicación. (Art. 40)
La Gerencia de Formación de Personal SAT, es la dependencia encargada de desarrollar acciones formativas permanentes y especializadas, basadas en mallas curriculares definidas que fomenten el desarrollo de la carrera administrativa de los empleados y funcionarios, que impulsen un mejor desempeño, en el marco de una cultura organizacional dinámica, innovadora y de autodesarrollo. (Art. 40 Bis)
La Gerencia Administrativa Financiera, es la dependencia encargada de administrar con transparencia, honestidad y efectividad los recursos financieros de la SAT, los sistemas y procesos de presupuesto, contabilidad, tesorería y deuda pública, inclusive, así como de administrar eficientemente el sistema de adquisiciones y contrataciones de bienes y servicios, su almacenamiento y registro. Asimismo, le corresponde preparar los instrumentos administrativos y financieros para la rendición de cuentas. (Art. 42)
La Gerencia de Recursos Humanos, es la dependencia encargada de administrar la planificación, organización, integración y desarrollo de los recursos humanos de la SAT, incluidos los sistemas, métodos, estrategias, programas, procedimientos e instrumentos que permitan el mejor aprovechamiento de las capacidades humanas. (Art. 43)
La Gerencia de Infraestructura, es la dependencia encargada de administrar los recursos de infraestructura física de la SAT; lo cual incluye su planificación, desarrollo, mantenimiento, reparación y supervisión. (Art. 44)
La Gerencia de Seguridad Institucional, es la dependencia encargada de establecer y administrar los sistemas de seguridad necesarios para resguardar la integridad de las personas, bienes y demás propiedades de la SAT. (Art. 45)
La Gerencia de Contribuyentes Especiales Grandes, es la dependencia responsable de brindar, a nivel nacional, atención especializada a los contribuyentes calificados por la Administración Tributaria como Contribuyentes Especiales Grandes, y darle el seguimiento al cumplimiento de sus obligaciones tributarias. (Art. 46)
La Gerencia de Contribuyentes Especiales Medianos, es la dependencia responsable de brindar, a nivel nacional, atención especializada a los contribuyentes calificados por la Administración Tributaria como Contribuyentes Especiales Medianos, y darle seguimiento al cumplimiento de sus obligaciones tributarias. (Art. 47)
Las Gerencias Regionales, son las dependencias encargadas de la ejecución y control de las competencias de recaudación, verificación, supervisión, control y gestión, de acuerdo a las directrices emitidas por los órganos y dependencias con funciones de dirección, de normativas sustantivas, de apoyo técnico y de gestión de recursos. (Art. 49)